ภายหลังจากเหตุการณ์รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 ทางคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขเคยทาบทามให้ชายชัย ลิขิตจิตถะเป็นนายกรัฐมนตรี[7] แต่ในที่สุดทางคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ได้ตัดสินใจเลือกเลือกพล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรีแทน ชาญชัยจึงถูกเลือกให้มาเป็น รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ในรัฐบาลพล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ [8]

ในการโฟนอินของ พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 22 มีนาคม 2552 ได้กล่าวหาชาญชัยว่าเป็นผู้อยู่เบื้องหลังวางแผนการรัฐประหาร 19 กันยายนที่บ้านของนายปีย์ มาลากุล ณ อยุธยา[9] ต่อมา ในวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2552 พ.ต.ท.ดร.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี ได้กล่าวระหว่างการปราศรัยกับกลุ่มคนเสื้อแดง ผ่านระบบวิดีโอลิงก์ว่า พล.อ.พัลลภ ปิ่นมณี อดีตรองผู้อำนวยการ กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร (กอ.รมน.) ได้เล่าให้ตนฟังว่า เมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2549 พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ องคมนตรี, นายชาญชัย ลิขิตจิตถะ ประธานศาลฎีกา (ในขณะนั้น), นายอักขราทร จุฬารัตน ประธานศาลปกครองสูงสุด, นายจรัญ ภักดีธนากุล ปลัดกระทรวงยุติธรรม , นายปราโมทย์ นาครทรรพ นักวิชาการอิสระ ผู้เขียนบทความในหนังสือพิมพ์ผู้จัดการ อ้างว่า พ.ต.ท.ดร.ทักษิณ วางแผนที่จะใช้ ปฏิญญาฟินแลนด์ และนายปีย์ ร่วมปรึกษาหารือกัน ที่บ้านพักของนายปีย์ ถนนสุขุมวิท ในอันที่จะวางแผนจัดตั้งขบวนการขับไล่ตน โดยเฉพาะการลอบสังหารตน และวางแผนสำรอง หากดำเนินการไม่สำเร็จ ซึ่งก็คือการรัฐประหาร เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 แต่ทั้งพลเอก สุรยุทธ์ และนายปีย์ ปฏิเสธข้อกล่าวหาดังกล่าว[10]